環境微生態測序分析

環境微生態測序分析



2.1.1 原始數據格式要求

A.?Fastq格式

B.?Bcl格式,需要提供Samplesheet文件。

2.1.2 數據分析內容

基礎分析

1、基本質控,包括數據量與質量統計

2、產出統計及測序數據成分和質量評估

3、去除接頭及污染序列,低質量序列的處理

3、OUT分析

4、種屬分類與豐度分析

5、Alpha多樣性指數

6、Belta多樣性分析

7、多樣本物種比較(>=2個樣本)

8、基于OTU豐度的heatmap圖分析

9、基于OTU豐度的PCA、PCoA分析

10、UniFrac顯著性分析分析

11、基于OTU豐度的進化樹分析

高級分析(定制)

12、RDA/CCA分析

13、腸型分析

14、LEfSe分析

15、Wilcoxon秩和檢驗

2.1.3 數據分析周期

基礎分析 : 10-15工作日

高級分析 : 10-15工作日(基礎分析后)?


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